經過顯微鏡直接觀察。普通來說，在一定的培育條件下（相反的培育基、溫度以及培育時間），同種微生物表現出動搖的菌落特征。這些特征包括菌落的外形、大小、隆起水平和顏色等方面。因此可以經過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類停止判別。接上去健明迪檢測為你詳細解答，希望可以協助到你。

運用選擇培育基培育微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件。選擇培育基，望文生義其作用是允許特定種類的微生物生長，同時抑制或阻止其他微生物生長。例如，運用以尿素作為獨一氮源的培育基可以培育出可分解脲酶的微生物；在培育基中ph調至酸性有利于霉菌的生長繁衍（抑制細菌的生命活動）等。選擇培育普通是經過觀察微生物的異化作用類型或某一特征停止直接判別，失掉的微生物往往并不只要一種，但是可以大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。

運用鑒別培育基。即依據微生物的代謝特點，在培育基中參與某種指示劑或化學藥品。例如，水質檢驗中大腸桿菌的檢驗（大腸桿菌的存在數量用以權衡水被糞便污染的水平）就用到了伊紅—美藍試劑，該試劑與水或乳制品中的大腸桿菌反響出現深紫色且帶有金屬光澤，屬于大腸桿菌的特征反響。與選擇培育相比，鑒別培育基的鑒別所得結果的范圍比擬小，普通可直接測定某微生物的種類。

LEfSe（Linear discriminant analysis Effect Size，線性判別剖析）即LDA Effect Size剖析，是一種發現和解釋高緯度數據生物標識（分類單元、通路、基因）的剖析工具，可以完成兩個或許多個分組之間的比擬，同時也可停止分組外部亞組之間的比擬剖析，從而找到組間在豐度上有清楚差異的物種（即biomaker）。該剖析首先運用非參數Kruskal-Wallis 秩和檢測不同分組間豐度差異清楚的物種，然后運用Wilcoxon秩和檢驗上一步的差異物種在不同組間子分組中的差異分歧性，*后采用線性回歸剖析（LDA）來預算每個組分（物種）豐度對差異效果影響的大小。關于物種的LDA剖析結果，可結合物種退化分支圖展現差異物種及其退化關系。在微生物多樣性剖析結果中，會出現兩個圖，一張表（LDA值散布柱狀圖、退化分支圖及特征表）。

注：圖1為差異物種的LDA值散布圖，顏色代表對應分組，柱狀圖的長度代表差異物種的貢獻度大?。礊長DA Score），圖中展現了LDA Score大于設定值（默許設置為2）的條件下不同組間豐度有清楚差異的物種，即每組內豐度清楚高于其它各組的Biomarker。圖2為差異物種物種退化分支圖，由內至外輻射的圓圈代表了由門至屬（或種）的分類級別。在不同分類級別上的每一個小圓圈代表該水平下的一個分類，小圓圈直徑大小與相對豐度大小呈正比。著色準繩：無清楚差異的物種一致著色為黃色，差異物種跟隨組停止著色，白色節點表示在白色組別中起到重要作用的微生物類群，綠色節點表示在綠色組別中起到重要作用的微生物類群。圖中英文字母代表的物種全稱在圖例2中停止展現。

表1 特征表

*列：Biomaker稱號；

第二列：各組分豐度平均值中*值的log10，假設平均豐度小于10的依照10來計算；

第三列：差異物種富集的組名；

第四列：LDA值；

第五列：Kruskal-Wallis秩和檢驗的值，若不是Biomarker用“—”表示。

【教程】在設置參數有疑問，請參考文獻解析和視頻教程；

【LDA閾值】默許預設值為2.0，只要LDA值的相對值大于2才會顯示在圖中；

【多組比擬戰略】one-against-all (less strict)：指只需物種在恣意兩組中存在差異，就被以為是差異物種；all-against-all (more strict)：指只要物種在多組中都存在差異，才干被以為是差異物種。關于選擇哪一種戰略，可以依據自身研討的需求。

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