赤潮監測的總目標是為了及時準確了解赤潮發展的現狀和趨勢，保護海洋生態系統，保障人體健康和生命安全，減輕和避免有害藻華對海水養殖、捕撈漁業、濱海旅游等海洋產業的損害，防止和減輕海洋赤潮災害造成的損失，并為赤潮的預測、早期預警系統的建立提供服務。
赤潮監測目標一般分為兩大類：
海洋生物資源管理監測：包括貝類資源;魚類資源和珍稀瀕危物種資源的管理監測；
海洋環境質量管理監測：包括娛樂水體和底質質量管理、對自然生態系與公共健康的保護的管理監測；

近年來連續發生的海洋赤潮，面積大、周期長，嚴重破壞了海洋生態系統，給旅游業、漁業和水產養殖業造成了巨大損失。因此，對海洋赤潮發生區域及時進行監測，可以有助于政府和相關部門采取相應措施，減少赤潮帶來的經濟損失，對保護海洋生態環境也具有重要意義。

海洋赤潮監測(預警)報告應包括以下全部或部分內容。依據監測目的、內容和具體要求,可對下列章節及內容適當增減。
1、 前言
2、 監測方案
3、 監測內容與檢測分析
4、 分析與評價
5、 跟蹤監測
6、 赤潮災害（顯性）評估
7、 赤潮監測結果的綜合分析與評價
8、 監測監視數據報表

赤潮是在特定的環境條件下，海水中的某些浮游植物、原生動物或細菌性增殖或高度聚集，引起水體變色或對海洋中其他生物產生危害的一種生態異常現象。赤潮監測工作以赤潮監測技術規程HYT069-2005為監測標準，進行針對性監測工作。

赤潮監測項目和跟蹤監測項目可按下表內容適當增減。有特殊目的的赤潮監測內容可根據具體要求在此基礎上增加監測內容。
觀測項目：赤潮位置與范圍、可視性采樣、色、味、嗅、漂浮物；
水文氣象要素：海表水溫、水色、透明度、鹽度、海況、海流流速、流向、日照、光衰減率、風速、風向、氣溫、氣壓、天氣現象、雨量、河流徑流量；
生物學要素：浮游植物(赤潮藻類)種類及數量、底棲微藻(赤潮藻類)種類及數量、其他赤潮生物(纖毛蟲類等)、底泥孢囊、浮游動物種類及數量、底棲生物(養殖生物)種類及數量、葉綠素a、異養細菌總數；
赤潮毒素：麻痹性貝毒(PSP)、腹瀉性貝毒(DSP)、神經性貝毒(NSP)、失憶性貝毒(ASP)、西加魚毒素(CFP)；
水化學要素：pH鹽度、溶解氧、活性磷酸鹽、活性硅酸鹽、亞硝酸鹽-氮、硝酸鹽-氮、氨-氮、油類、鐵、錳、海水中維生素B1、海水中維生素B12；

HYT069-2005 赤潮監測技術規程
GB 3097—1997 海水水質標準
GB 12763.2 海洋調查規范海洋水文觀測
GB 12763.3 海洋調查規范海洋氣象觀測
GB 12763.6 海洋調查規范海洋生物調查
GB 17108 海洋功能區劃分技術導則
GB 17378.1 海洋監測規范第1部分:總則
GB 17378.2 海洋監測規范第2部分:數據處理與分析質量控制
GB 17378.3 海洋監測規范第3部分:樣品采集,貯存與運輸
GB 17378.4 海洋監測規范第4部分:海水分析
GB 17378.7 海洋監測規范第7部分:近海污染生態調查和生物監測
GB 18421—2001 海洋生物質量